Las atribuciones del Órgano de Gobierno, se encuentran en el artículo 29, de la Ley del Sistema Anticorrupción del Estado de Jalisco, y en el artículo 74, de la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de Jalisco que rigen las juntas de gobierno, salvo aquellas que correspondan a otro órgano y el artículo 13, del Estatuto Orgánico de la Secretaría Ejecutiva del Sistema Estatal Anticorrupción del Estado de Jalisco.
Dentro de sus atribuciones, se encuentran las siguientes:
- Nombrar y remover al Secretario Técnico;
- Aprobar el Estatuto Orgánico;
- Aprobar el proyecto de Presupuesto de Egresos;
- Aprobar la plantilla de personal;
- Aprobar el Plan Institucional y los programas operativos anuales;
- Aprobar las políticas generales de la Secretaría Ejecutiva.