El Sistema Anticorrupción del Estado de Jalisco (SEAJAL) se integra por:
- El Comité Coordinador;
- El Comité de Participación Social; y
- El Sistema Estatal de Fiscalización.
Además, existen otras instancias que intervienen de manera directa en el SEAJAL, las cuales son:
- La Comisión de Selección;
- La Secretaría Ejecutiva del SEAJAL;
- El Órgano de Gobierno de la Secretaría Ejecutiva del SEAJAL; y
- La Comisión Ejecutiva.